對達文西最後的晚餐作一番仔細的觀察後，我們就會發現，耶穌的右面的人是一個女性的形象，或者說至少是雌雄同體，很多人都懷疑是抹大拉的瑪利亞。另外一點非常明顯的是，耶穌和抹大拉的衣服顏色是對應的。耶穌穿著一件紅罩衣，披著一件藍斗篷;抹大拉穿著一件藍罩衣，披著一件紅斗篷。一陰一陽。有藝術家甚至說這個人物的束腰外衣已經烘托出了一個女人的胸部。確實，達文西不反對給畫面人物賦予女性特徵。甚至給一些男性人物也畫出了女性的形象。例如，當您細緻的觀察達文西的著名畫作《施洗者約翰》時，就會看到他幾乎是一個雌性同體的形象。
與第一個秘密相關的是，為什麼在《最後的晚餐》裡，耶穌和約翰(或者說瑪利亞·抹大拉)朝向不同的方向，擺成一個V字形，而他們的身體又組成一個字母M，是想說明什麼問題呢?這和什麼符號有關嗎?藝術家們認為耶穌和約翰的形體符號恰恰說明，這裡所謂的約翰實際上應該是抹大拉的瑪利亞，V字形象徵了神聖女性的符號(甚至是聖杯，畢竟，餐桌上沒有聖杯的出現也是一件非常怪異的事)，而字母M代表了瑪利亞·抹大拉。很明顯，不論人們是否贊成這一假設，這是一種很有創見，很令人興奮的闡釋。
另一處奇怪的特寫是，彼得的左手好像要砍向約翰(或抹大拉)的脖頸一般，一幅威脅的姿勢。關於彼得，達文西是不是想向我們說點什麼呢?再仔細些看，離畫面進一些，您就會發現，很明顯那隻拿著短刀的手實際上就是彼得的。雖然顯得有點笨拙、不自然，但是因為他的右手手腕彎著，所以看起來不像他的。至於他的左手作出的抹約翰脖子的姿勢，另外一個解釋是，彼得只是想要把左手搭在對方身上而已。看起來爭論還會一隻繼續下去。
在耶穌的左手邊，面對著耶穌的托馬斯作出伸出一根指頭的姿勢，按作者的話來說，是約翰的手勢引起的。再說托馬斯，他舉起左手的食指也作出一個威脅的姿勢。據說約翰代表秘密的知識與智慧，認為是洗者約翰比耶穌起到了更重要的作用，而不是完全像《聖經》裡講述的那樣。
