然而飛控電腦仍持續執行“重飛”爬升自動操作的指令，電腦將機尾的水平安定面設定到機首上升的狀態，以抵銷駕駛員壓低機首的手動操作，最後飛機向上沖的攻角過大而失去升力而失速墜毀。1996年，日本愛知縣警方將機長王樂琦，副駕駛莊孟容及四名華航管理幹部，以業務過失導致死傷的罪名移送法辦。 
1999年，名古屋地檢署以送辦的班機正副駕駛已身故，因此裁定不起訴處分，另四名華航幹部也因罪證不足，獲判不起訴。名古屋高等法院裁定，名古屋空難完全是因為華航駕駛操縱失誤所造成。事故發生後，其中87位罹難者的家屬236人組成“統一原告團”，向名古屋地方裁判所控告華航與空中巴士公司，要求賠償196億日圓。 
在經過將近十年的纏訟後，名古屋地方法院於2003年12月26日作出一審判決，認定華航具有重大過失，必須賠償原告50億2641萬日圓的損失，但同案對空中巴士公司的部分遭到駁回。台灣藝人黑人陳建州的父親陳培元是中華航空140號班機座艙長，在這次事故中不幸遇難在。當時，陳建州只有十七歲。
